Prvá písomná zmienka o meste je z roku 1286. Mesto nesie názov po svojom patrónovi svätom Mikulášovi. Mesto vtedy tvoril len rímskokatolícky kostol a pár domov okolo neho. V prvej polovici 14. storočia mal Liptovský Mikuláš významné obchodné postavenie, od roku 1424 mal výsadu organizovať trhy dvakrát ročne. Od roku 1677, kedy sa mesto stalo aj sídlom okresu, bol sídlom Liptovskej stolice, neskôr župy. V meste zasadali okresné stretnutia a súdy. V roku 1713 tu bol odsúdený a popravený legendárny slovenský zbojník Juraj Jánošík. V roku 1848 tu boli podpísané tzv. Žiadosti slovenského národa. 1. mája 1918 sa tu uskutočnila v budove Čierneho orla robotnícka manifestácia. V roku 1923 bolo k vtedajšiemu Liptovskému Svätému Mikulášu pripojené susedné mestečko Vrbica, ktoré s ním už úplne územne splynulo. Cez druhú svetovú vojnu bolo mesto počas bojov na začiatku roku 1945 takmer celkom zničené v priebehu tzv. bitky o Liptovský Mikuláš. V 60. a 70. rokoch sa súčasťou mesta stali ďalšie dovtedy samostatné obce.
